Die manuelle Therapie dient in der Medizin der Behandlung von Funktionsstörungen des Bewegungsapparats (Gelenke, Muskeln und Nerven). Im engeren Sinne versteht hierunter die Anwendung manualtherapeutischer Techniken durch speziell fortgebildete Physiotherapeuten, welche nach entsprechender ärztlicher Heilmittelverordnung durch die Krankenkassen bezahlt werden. Von der ärztlichen Manuellen Medizin unterscheidet sie sich darin, dass sie in Deutschland keine ruckartigen Techniken, sog. Techniken mit Impuls (Manipulation) an der Wirbelsäule, anwenden darf. In alternativmedizinischen Behandlungsformen wird darüber hinaus auch die Behandlung von vielfältigen Beschwerden anderer Körperregionen und von generalisierten Befindungsstörungen als manuelle Therapie verstanden.
In Deutschland ist die manuelle Therapie eine geschützte physiotherapeutische Behandlungsform, die mittels einer Heilmittelverordnung durch den behandelnden Arzt nach vorheriger Diagnosestellung verordnet werden kann. Die Menge der verordneten Therapien richtet sich nach der Diagnose und dem bundeseinheitlichen Heilmittelkatalog von 2004, der die Behandlungsmenge festsetzt. Die Ausbildung zum Manualtherapeuten umfasst in Deutschland (gemäß § 125 SGB V über die Versorgung mit physiotherapeutischen Leistungen) eine mindestens 260-stündige Fortbildung, die in den meisten zugelassenen Fortbildungseinrichtungen weit über diese Mindeststundenzahl hinausgeht. In der Regel umfasst diese ca. 400 Stunden mit einer zusätzlichen Abschlussprüfung. Diese Zusatzqualifikation berechtigt den Physiotherapeuten/Masseur zur Abrechnung der Heilmittelposition Manuelle Therapie.